康复医学科是深圳复亚医院的重点专科，设有康复科门诊、康复住院部以及康复治疗大厅，面积600平方米，拥有2个住院病区，设计开放床位144张。定期特邀省市级专家组进行康复医疗质量指导（广东省人民医院康复科张鸣生专家组,深圳市南山人民医院张强专家组以及中山大学附属第七医院王朴专家组），其中，医护人员28人，其中主任医师1名、副主任医师1名、主治医师2名、住院医师4名，康复治疗师10人、护士12人。
深圳复亚医院康复医学科治疗大厅设置有康复评定室、ST言语治疗室、针灸推拿室、物理因子治疗室、情节互动训练室、中医疗法治疗室、VIP治疗室、PT运动训练康复区、OT作业治疗区，康复治疗设备齐全。
深圳复亚医院康复医学科定位为神经康复、脊髓损伤康复、骨关节康复、疼痛康复、老年病康复、心肺康复、中医康复、肿瘤康复、儿童康复、产后康复、烧伤康复等亚专科领域进行发展。联合省、市知名康复学科专家，结合传统中医的针炙、推拿、理疗及现代康复技术，将康复医学科打造成国内知名的康复中心。
深圳复亚医院康复医学科特色项目包含神经损失康复、老年病康复以及骨关节康复等。其中：
※ 神经损伤康复：
特色康复疾病项目包括脑梗塞、脑出血、颅脑外伤、偏瘫、偏头痛、工伤康复、植物状态、小儿脑瘫、脊髓损伤、失眠、截瘫或四肢瘫痪、周围神经损伤等。
※ 骨关节康复：
特色康复疾病项目包括骨关节病、骨质疏松、股骨头坏死、强直性脊柱炎、关节活动障碍、软组织损伤、颈肩腰腿痛、颈椎病、腰椎间盘突出、人工关节置换术后、风湿、骨折术后等。
※ 老年病与其它疾病康复：
特色康复疾病项目包括帕金森、老年痴呆、心衰、肺心病、高血压、肺炎、冠心病、糖尿病、痛风、慢性支气管炎、慢性胃炎、心脏病、慢性阻塞性肺疾病、退行性心瓣膜病、肺气肿等。
☆ 住院部
☆ 康复治疗大厅
康复医学科治疗中心具有完善的康复治疗设备：包括平衡功能训练及评估系统、神经康复功能评定系统、经颅磁脑病生理治疗仪、体外冲击波治疗仪、吞咽神经和肌肉电刺激仪、超声波治疗仪、经皮神经电刺激仪、低频脉冲痉挛肌治疗仪、智能疼痛治疗仪、神经肌肉低频电刺激仪、电脑中频治疗仪、立体动态干扰电治疗仪、中药导入多功能治疗仪、智能红外光灸疗机、空气波压力治疗仪、多体位医用诊疗床、多关节主被动训练仪、智能关节康复器、康复床、站立架（双人）、下肢功率车（卧式）、股四头肌训练椅、髋关节训练器、踝关节训练器、辅助步行训练器、PT训练床、OT综合训练工作台、重锤式手指肌力训练桌、训练用阶梯、平行杠、矫正镜、平衡板、TDP神灯、电针治疗仪等。
康复医学科治疗中心以“病、伤、残、老人”为治疗对象、以患者功能障碍为康复重点，运用现代康复与传统康复方法为治疗手段，以提高患者生活质量为康复目的。康复医学科全体医护人员将秉着“医者仁心”的工作态度，以“精益求精”的从业精神，提高每位患者的生活质量，使其重返家庭、重返社区、重返社会。